Amniyosenteze çok benzeyen bir işlem olan kordosentez genellikle kromozom analizinin 23- 24. gebelik haftalarından sonra gerektiği durumlarda uygulanır. Farklı olarak kesedeki sıvıdan örnek almak yerine bebeğin göbek kordonuna iğne ile girilerek bebeğe ait kandan bir miktar enjektöre çekilir. En büyük avantajı 7-10 gün içinde sonucun alınabilmesidir. Rh uyuşmazlığı gibi bebeğin kan sayımının değerlendirilmesinin gerektiği hastalıklarda da uygulanan bir işlemdir. Amniyosenteze göre biraz daha zor bir işlemdir. 1/100-1/200 oranında erken doğum, bebeğin kalbinin durması gibi olumsuzluklar görülebilir. Gebelik kaybı dışında çok nadiren annede rahim enfeksiyonu, cilt altında kanama gibi problemler de görülebilir. Enfeksiyonun önlenmesi için steril şartlarda çalışılmalı, işlem öncesinde karın cildi dezenfektanlar ile temizlenmelidir.